يرتبط تأسيس القسم بتأسيس الكلية في العام 1993 حيث انه لم يكن مستقلا في ادارته الى ان تم تفعيله في العام 2007 حيث كان اول رئيس له الاستاذ مهدي عفيفي عبد الحميد. و يضم القسم حاليا تسعة من اعضاء هيئة التدريس.
كان عدد الطلاب بالقسم منذ الدفعة (17) وهي اول دفعة بالكلية الى الدفعة (30) لايتجاوز العشرين طالبا الى ان تم تطوير المنهج وذلك بعد بذل مجهود مقدر من اساتذة القسم رغم قلتهم حيث اصبح يمنح الدرجة العلمية في عشرة فصول دراسية بدلا عن ثمانية فصول دراسية واصبح يتراوح العدد فيه بين الخمسين والستين طالبا وطالبة.
يمنح القسم الدرجات العلمية الاتية:
درجة البكالوريوس العلوم (مرتبة الشرف) في علوم الرياضيات والحاسوب في عشرة فصول دراسية (خمس سنوات)
الدبلوم فوق الجامعي في علوم الرياضيات
الماجستير في علوم الرياضيات
يفتخر القسم بتخريج كوادر ذو كفاءة عالية متخصصة في مجال العلوم الرياضية عملت في قطاع تدريس الرياضيات في الجامعات السودانية وفي قطاعات البلاد الاخرى كما يفخر القسم بتقديم خدماته لمختلف الاقسام الاكاديمية في الجامعة.
يقوم القسم حاليا بتحديث وتطوير منهجي الدبلوم فوق الجامعي والماجستير لتضم تخصصين في قسم الرياضيات هما الرياضيات البحته والرياضيات التطبيقية